在成本上，目前燃料電池在美國大概是每千瓦1500美元一2000美元，而國內(nèi)100瓦的燃料電池也需要1萬元人民幣。通常來講，筆記本電腦和手機(jī)分別需要20瓦和1.5瓦的電池。燃料電池所需要的催化劑非常昂貴，也使得燃料電池在成本上尚無法和銼電池和鏗聚合物電池相抗衡。

另外，小型化也是燃料電池的關(guān)鍵瓶頸之一，由于燃料電池是一個(gè)電池系統(tǒng)，需要燃料盒等輔助部件，因此如何將燃料電池的輔助部件整合到電池系統(tǒng)中去，同時(shí)又不致于過多地增加功耗、尺寸和重量，也是個(gè)不小的難題。更何況，燃料電池的燃料甲醇也因其為有毒物質(zhì)，不少地方還是禁止帶上飛機(jī)?？梢哉f任何人對這些問題中的任何一點(diǎn)的突破，都將預(yù)示著大筆的財(cái)富（知識產(chǎn)權(quán)）將會(huì)在未來得到兌現(xiàn)。

另外，由于燃料電池取代銼電池還不切實(shí)際，不少專家認(rèn)為，結(jié)合銼電池和直接甲醇燃料電池的混合式供電系統(tǒng)將成為未來便攜式電子產(chǎn)品的主流。比如臺灣勝光科技產(chǎn)品技術(shù)處的處長claivnSuh解釋為，電池供電有兩種基本特性。一是能量密度，一是功率密度。

由于燃料電池就好像一臺微型發(fā)電機(jī)一樣，它的能量密度較高，能夠長時(shí)間穩(wěn)定地供電。不過，它的功率密度較低，又必須借助銼電池供電。而且，燃料電池可以在手機(jī)處于空閑狀態(tài)時(shí)給鏗離子電池充電。索尼鏗電池之父西美緒同時(shí)也提醒，混合型電池系統(tǒng)的一個(gè)必要前提便是，必須成功降低燃料電池的生產(chǎn)成本。

杜邦燃料公司預(yù)測，2007年燃料電池市場將真正啟動(dòng)。市場研究機(jī)構(gòu)ABIReseareh的報(bào)告也指出，2004年到2006年將是燃料電池原型展示、產(chǎn)業(yè)供應(yīng)鏈形成的階段，2006年至2008年則開始有早期采用的產(chǎn)品出現(xiàn)，包括筆記本電腦和手機(jī)等。到2008年，就將進(jìn)人到甲醇燃料電池大量生產(chǎn)的階段，市場開始正式起飛。AIB甚至預(yù)測，2008年燃料電池的出貨量將達(dá)到4000萬個(gè)。